In silico study of silver nanoparticles against Parkinson’s disease through molecular docking

Authors

DOI:

https://doi.org/10.59085/2789-7818.2022.32

Keywords:

Docking molecular, Nanomedicina, Enfermedad de Parkinson, In silico

Abstract

Parkinson's disease is the second-largest neurodegenerative disease in the world, and nanotechnology has great potential to improve current treatments. Thus, this work aimed to study the interaction of silver nanoparticle (AgNP) with E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE PARKIN PARK2 (Parkina) a target protein for Parkinson's disease. The target protein PARK2 (Parkina) was chosen from Protein Data Bank (PDB) platform with PDB ID: 4BM9. The AgNP was obtained with a CIF file of cubic Ag uploaded in Nanocrystal platform to generate coordinates of AgNP.pdb file with 1865 atoms. Molecular docking was performed with HDOCK server, a cubic grid box was configured to encompass the entire enzyme, adjusted to 1.0 angstrom. The HDOCK server is used to predict the binding complexes between two molecules like proteins and ligands by using a hybrid docking strategy. The docking model applied was the algorithm based on a geometric model. For the result evaluation, 2.5 angstroms were applied as a contact zone between the AgNP and amino acid residues. Our results show that hydrophilic and hydrophobic interactions were observed with Molecular Lipophilicity Potential values with an average of -4,218 MLP. The regions next to N-terminus of the enzyme present a greater area of interaction with AgNPs. The cysteine, glutamine, and glutamate amino acid residues present the highest affinity with the surface of the AgNP evaluated in this study. We conclude that molecular docking results of receptor-ligand interaction of PARK2 (Parkina) can contribute to the search for new drugs and therapies to inhibit Parkinson's disease.

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Author Biographies

Geyse Santos, Faculdad de Ciencias de la Salud, Universidad Central del Paraguay, Pedro Juan Caballero, Amambay, Paraguay

Licenciada en Química. Especialista en Educación. Estudiante de Medicina.

Rachel Nhoato Huber, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Central del Paraguay, Pedro Juan Caballero, Amambay, Paraguay

Licenciada en Comunicación Social, Estudiante de Medicina.

Geovani Fabian Meireles Duarte, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Central del Paraguay, Pedro Juan Caballero, Amambay, Paraguay

Maestría en Educación con énfasis en Docencia Universitaria en curso (Universidad Americana, Paraguay), Especialista en Análisis Clínicas y Microbiología, Inmunología y Hematología, biotecnólogo (Universidade Federal da Grande Dourados, Brasil). 

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Published

2022-08-02

How to Cite

Santos, G., Nhoato Huber, R. ., & Meireles Duarte, G. F. (2022). In silico study of silver nanoparticles against Parkinson’s disease through molecular docking. Revista MEDUCP, 2(3), 64–72. https://doi.org/10.59085/2789-7818.2022.32

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Vol. 2 No. 3 (2022): “Medicina y educación: Encuentro – Dualidad", In: Epicentro – Revista de Investigación Ciencias de la Salud

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